El Colegio Universitario "Gral. San Martín", desde sus orígenes dependió de la Universidad, entonces Provincial. Fue creado con el nombre de "Colegio Secundario Provincial" el 7 de Diciembre de 1979.

Posteriormente el 2 de Abril de 1981, cambia de denominación, designándolo "Colegio Universitario Provincial de La Rioja".

A partir del 7 de Abril de 1982 se producen nuevas modificaciones en su institucionalidad y cambia nuevamente de denominación por el de "Colegio Pre Universitario General San Martín". El Estatuto que regía a la Universidad Provincial de La Rioja, contemplaba la existencia de "Escuelas e Institutos correspondientes al nivel medio de enseñanza". Es por eso que, al ser transferida la U.P.L.R. a la órbita nacional, el Colegio Pre Universitario "Gral. San Martín", como unidad académica de la misma, cambia de jurisdicción pasando al ámbito Nacional.

El Colegio Pre Universitario "Gral. San Martín" funciona físicamente dentro del predio del Edificio de la Ciudad Universitaria de la Ciencia y la Técnica, con características estructurales únicas en la Provincia y el País, por cuanto contempla los espacios físicos para los seis cursos previstos por la normativa, tres de E.G.B. (Educación General Básica) y tres de Educación Polimodal. Los recursos presupuestarios del Colegio (financieros, humanos y otros) dependen de la Universidad Nacional de La Rioja.

Orgánicamente está Institucionalizado de acuerdo a lo que establece el Estatuto de la U.N.LaR. respecto del mismo, dependiendo del Consejo de Enseñanza Pre - Universitario (C.E.P.U.) el que es presidido por el Sr. Vice Rector de la U.N.LaR. Su conducción educativa se halla a cargo de un Director acompañado de un Vice Director.